事業承継・M＆A補助金のススメ
事業承継・M＆A補助金は、親族や従業員への事業承継、M＆Aによる会社・事業の売買、M＆A後の経営統合などにかかる費用の一部を国が補助する制度です。本記事では、制度の全体像から4つの申請枠ごとの補助額、申請の流れ、審査のポイントまでをわかりやすく解説します。
※本記事は、2026年9月4日に開示された「事業承継・M＆A補助金（16次公募）」の公募要領（Ver.1.0）に基づいて記載しています。16次公募の申請受付期間は2026年10月2日（金）～11月6日（金）17:00です。公募回ごとに要件が変わることがあるため、申請前には必ず最新の公募要領をご確認ください。
事業承継・M＆A補助金の概要
概要
事業承継・M＆A補助金は、中小企業者等が事業承継やM＆A（事業再編・事業統合）に際して行う設備投資や、専門家の活用、M＆A後の経営統合などにかかる経費の一部を補助するものです。中小企業庁の「中小企業生産性革命推進事業」の一つで、近年は1年間に複数回の公募が行われてきました。
たとえば「社長の息子さんが会社を継ぐタイミングで、老朽化した設備を入れ替えたい」「後継者がいないので、M＆A仲介会社に依頼して会社を譲りたい」「買収した会社と自社の業務システムを統一したい」といった場面で活用できる補助金です。
対象者
中小企業者等が補助の対象とされており、下記表の①または②を満たす法人又は個人事業主が該当します。基本的に個人事業主と中小企業のどちらも対象であると理解してよいです。
| 業種分類 | 業種詳細 | 資本金の額又は出資総額（①） | 常時使用する従業員数（②） |
|---|---|---|---|
| 製造業その他 | ゴム製品製造業（一部を除く） | 3億円以下 | 900人以下 |
| 上記以外 | 3億円以下 | 300人以下 | |
| 卸売業 | 1億円以下 | 100人以下 | |
| 小売業 | 5千万円以下 | 50人以下 | |
| サービス業 | 旅館業 | 5千万円以下 | 200人以下 |
| ソフトウェア業・情報処理サービス業 | 3億円以下 | 300人以下 | |
| 上記以外 | 5千万円以下 | 100人以下 | |
ただし、上記の基準を満たしていても、大企業の子会社等（いわゆる「みなし大企業」）や、直近3年分の課税所得の年平均額が15億円を超える事業者などは対象外となります。また、補助率の判定などで使われる「小規模事業者等」は、以下のとおり定義されています。
| 業種分類 | 小規模事業者等の定義 |
|---|---|
| 製造業その他 | 従業員20人以下 |
| 商業（卸売業・小売業）・サービス業 | 従業員5人以下 |
| サービス業のうち宿泊業・娯楽業 | 従業員20人以下 |
事業承継・M＆A補助金の4つの申請枠
事業承継・M＆A補助金は、12次公募（2025年度）から「事業承継促進枠」「専門家活用枠」「PMI推進枠」「廃業・再チャレンジ枠」の4つの枠で構成されています（直前の11次公募は専門家活用枠のみの公募でした）。過去の公募にあった「経営革新枠」が再編され、親族内承継・従業員承継に伴う設備投資等を支援する「事業承継促進枠」と、M＆A後の経営統合を支援する「PMI推進枠」が設けられた形です。
| 申請枠 | どんな場面で使う？ | 主な類型 |
|---|---|---|
| ①事業承継促進枠 | 親族や従業員に会社を継ぐ予定があり、後継者が中心となって設備投資等を行う | ― |
| ②専門家活用枠 | M＆Aで会社・事業を買う／売る際に、仲介会社やFA、デュー・ディリジェンス（買収前の調査）などの専門家費用がかかる | 買い手支援類型 売り手支援類型 買い手支援類型（100億企業特例） 小規模売り手支援類型 |
| ③PMI推進枠 | M＆A後に、買収した会社・事業との経営統合（PMI）を進める | PMI専門家活用類型 事業統合投資類型 |
| ④廃業・再チャレンジ枠 | 事業承継・M＆Aに伴って既存事業の一部を廃業する、またはM＆Aで譲り渡せなかった事業を廃業して新たに挑戦する | 再チャレンジ申請（単独） 他の枠との併用申請 |
①事業承継促進枠
事業承継促進枠とは、親族内承継や従業員承継などの事業承継を予定している中小企業者等が、後継者を中心に取り組む生産性向上のための設備投資等を支援する枠です。事業再生を伴う事業承継も対象になります。
16次公募では、公募申請期日（2026年11月6日）から5年後の2031年11月5日までに事業承継を行う予定であることが求められます。後継者（承継予定者）についても、法人の場合は「対象会社の役員として3年以上の経験がある」「対象会社で3年以上継続して働いている」「被承継者の親族で、対象会社の代表経験がない」などのいずれかに該当する必要があります。
たとえば、創業社長が5年以内に専務の長男へ社長を交代する計画を立てており、その準備として長男主導で新しい製造ラインを導入する、といったケースが典型例です。なお、第三者へのM＆Aにかかる専門家費用やM＆A後の統合費用は、専門家活用枠やPMI推進枠で支援されます。
②専門家活用枠
専門家活用枠とは、M＆Aによって株式や経営資源（事業・設備・従業員・顧客など）を譲り受ける／譲り渡す予定の中小企業者等が、M＆Aの専門家に支払う費用の一部を補助する枠です。買い手側も売り手側も利用できます。
対象になるのは、M＆A仲介会社やFA（ファイナンシャル・アドバイザー）への手数料、デュー・ディリジェンス（買収前に相手先の財務・法務などを調査すること）の費用、M＆Aマッチングサイトの利用料などです。ただし、仲介・FAの手数料は、中小企業庁の「M＆A支援機関登録制度」に登録された業者に依頼したものに限り補助対象になるため、依頼先を選ぶ段階で登録の有無を確認しておきましょう。
通常の買い手支援類型・売り手支援類型に加えて、売上高100億円を目指す企業による大型M＆Aを対象とした「買い手支援類型（100億企業特例）」と、小規模事業者等の売り手に特化した「小規模売り手支援類型」があります。
③PMI推進枠
PMI推進枠とは、M＆Aで株式や経営資源を譲り受けた（または譲り受ける予定の）中小企業者等が、M＆A後の経営統合（PMI：Post Merger Integration）を円滑に進めるための費用を補助する枠です。
M＆Aは契約して終わりではなく、その後に人事制度や会計・業務システムの統一、取引先との関係整理などを進めて初めて効果が出ます。PMI推進枠には、PMIの専門家（コンサルタント等）の費用を補助する「PMI専門家活用類型」と、統合効果を高めるための設備投資等を補助する「事業統合投資類型」の2つがあります。たとえば、買収した会社と自社の受発注システムを統合するためのシステム改修費や設備の導入費は、事業統合投資類型の対象になり得ます。
④廃業・再チャレンジ枠
廃業・再チャレンジ枠とは、事業承継やM＆Aに伴って既存事業を廃業する場合の費用（設備の撤去・解体費、原状回復費など）を補助する枠です。
M＆Aで事業を譲り渡せなかった中小企業者等の株主や個人事業主が、既存事業を廃業して新たなチャレンジをする場合の「再チャレンジ申請（単独申請）」のほか、①～③の他の枠と組み合わせる「併用申請」ができます。たとえば、M＆Aで主力事業を売却した後に手元に残った不採算の店舗を閉める場合や、事業承継後に採算の悪い部門を廃止する場合などが該当します。
同じ公募回で申請できない組み合わせ
複数の枠に関係しそうな場合は、組み合わせの制限に注意が必要です。16次公募では主に次のようなルールがあります。
- 事業承継促進枠は、専門家活用枠・PMI推進枠と同じ公募回で申請できない
- 専門家活用枠（買い手支援類型）とPMI推進枠（PMI専門家活用類型）は、同じ公募回で「同時申請」ができる
- PMI推進枠（事業統合投資類型）は、専門家活用枠（買い手支援類型）やPMI専門家活用類型（単独申請）と同じ公募回で申請できない
- 100億企業特例・小規模売り手支援類型は、それぞれ通常の買い手支援類型・売り手支援類型と同じ公募回で申請できない
- 廃業・再チャレンジ枠（廃業費）は①～③の各枠と併用申請ができるが、申請の方法には枠ごとのルールがある（例：PMI専門家活用類型を同時申請する場合は、専門家活用枠（買い手支援類型）の申請フォームで廃業費を申請する）
事業承継・M＆A補助金の補助率・補助額と対象経費
補助金は、事業が完了した後に経費を精算して支払われる後払い（精算払い）です。いったんは全額を自社で立て替える必要があるため、資金繰りの計画もあわせて検討しておきましょう。
①事業承継促進枠
| 補助率 | 補助下限額 | 補助上限額 | 廃業費の併用申請 |
|---|---|---|---|
| 小規模事業者等：2/3以内 それ以外：1/2以内 | 100万円 | 800万円 （賃上げ要件を満たす場合1,000万円） | ＋300万円 |
補助上限額を1,000万円に引き上げるには、補助事業が完了した事業年度と比べて、翌年度の従業員1人当たり給与支給総額を3％以上引き上げることを、公募申請時までに従業員等に表明したうえで達成する必要があります。なお、800万円を超える部分の補助率は一律1/2以内となり、賃上げが未達の場合は引き上げ分（最大200万円）の返還を求められます。
補助対象経費は、設備費（国内の店舗・事務所の工事、機械器具の調達など）、産業財産権等関連経費、謝金、旅費、外注費、委託費です。事業承継に際して先代経営者（被承継者）に支払う譲受費用（土地や資産の購入費用など）は補助対象外です。
②専門家活用枠
| 類型 | 補助率 | 補助下限額 | 補助上限額 | 廃業費の併用申請 |
|---|---|---|---|---|
| 買い手支援類型 | 2/3以内 | 50万円 | 600万円 （DDを実施する場合＋200万円） | ＋300万円 |
| 売り手支援類型 | 1/2以内 （営業利益率が低下している場合、または直近決算期の営業利益・経常利益が赤字の場合は2/3以内） | 50万円 | 600万円 （DDを実施する場合＋200万円） | ＋300万円 |
| 買い手支援類型 （100億企業特例） | 1/2以内 （1,000万円超の部分は1/3以内） | 50万円 | 2,000万円 | ＋300万円 |
| 小規模売り手支援類型 | 2/3以内 | なし | 450万円 | ＋150万円 |
補助対象経費は、謝金、旅費、外注費、委託費（仲介・FAの手数料など）、システム利用料（M＆Aマッチングサイトの利用料など）、保険料です。注意したいのは、補助事業期間内にM＆Aが成立（クロージング）しなかった場合、補助上限額が大きく引き下げられ、対象経費も限定される点です。買い手・売り手支援類型と100億企業特例は上限300万円・原則DD費用のみ、小規模売り手支援類型は上限50万円・着手金、システム利用料、DD費用のみが対象となります。また、買い手支援類型では、補助対象経費に計上するかどうかにかかわらずDDの実施が必須です。
100億企業特例を使うには、「100億宣言」を「100億企業成長ポータル」で公表していること、最低譲渡価額が5億円以上であること、被承継者の従業員の雇用を3年間維持することなどの追加要件があります。雇用が会社都合で維持されなかった場合は補助金の返還を求められるため、M＆Aの規模が大きくない場合は通常の買い手支援類型との違いをよく比較して選びましょう。
③PMI推進枠
| 類型 | 補助率 | 補助下限額 | 補助上限額 | 廃業費の併用申請 |
|---|---|---|---|---|
| PMI専門家活用類型 | 1/2以内 | 50万円 | 150万円 | ＋300万円 （単独申請の場合。同時申請の場合は専門家活用枠側で申請） |
| 事業統合投資類型 | 小規模事業者等：2/3以内 それ以外：1/2以内 | 100万円 | 800万円 （賃上げ要件を満たす場合1,000万円） | ＋300万円 |
補助対象経費は、PMI専門家活用類型が謝金・旅費・委託費（PMI専門家が支援したもの）、事業統合投資類型が設備費・外注費・委託費です。事業統合投資類型の賃上げ要件（1,000万円への引き上げ）は、事業承継促進枠と同じく「従業員1人当たり給与支給総額の3％以上の引き上げ」です。
なお、専門家活用枠（買い手支援類型）と同時申請したPMI専門家活用類型は、補助事業期間中にM＆Aが実現しなかった場合、PMI専門家の費用が補助対象外になります。
④廃業・再チャレンジ枠
| 申請方法 | 補助率 | 補助下限額 | 補助上限額 |
|---|---|---|---|
| 再チャレンジ申請（単独申請） | 2/3以内 | 50万円 | 300万円 |
| 併用申請 | 併用する枠の補助率に従う | 50万円 | 300万円 （小規模売り手支援類型との併用は150万円） |
補助対象経費は、廃業支援費（廃業登記を依頼する司法書士の費用や、解散・清算時の会計・税務申告にかかる専門家費用。上限50万円）、在庫廃棄費、解体費、原状回復費、リースの解約費などです（土壌汚染調査費や移転・移設費など、他の枠との併用申請の場合にのみ計上できる経費もあります）。在庫を売却して対価を得る場合の処分費は対象外なので注意しましょう。
事業承継・M＆A補助金の申請の流れとポイント
16次公募のスケジュール
| 項目 | 日程 |
|---|---|
| 公募要領の開示 | 2026年9月4日（金） |
| 申請受付期間 | 2026年10月2日（金）～11月6日（金）17:00（厳守） |
| 補助事業期間 | 2027年1月下旬（予定）から14か月以内 |
採択発表の日程は公募要領には明記されていませんが、直前の15次公募では、申請締切（2026年7月24日）から約1か月半後の9月11日に採択者が決定されています。採択後は交付申請を行い、交付決定を受けてから補助事業（専門家との契約や設備の発注など）に着手する流れです。
申請時の注意点
申請はデジタル庁の補助金電子申請システム「Jグランツ」からの電子申請のみです。Jグランツの利用には「GビズIDプライム」のアカウントが必要で、発行までに1～2週間程度（混雑時は3週間程度）かかるため、申請を検討している段階で早めに取得しておきましょう。
また、原則として交付決定前に契約・発注した経費は補助対象外です。たとえば、採択前にM＆A仲介会社と契約を結び、最終契約まで済ませてしまうと、その手数料は補助の対象になりません。専門家活用枠では、補助事業期間の開始前に最終契約を結んでいながら覚書で契約日を後ろにずらすような行為も、原則として認められません。
事業承継促進枠では、公募申請時に認定経営革新等支援機関（国の認定を受けた税理士・金融機関など）による確認書の提出が必要です。申請締切の直前に依頼すると間に合わないことがあるため、余裕をもって相談しましょう。
採択後の手続き
補助事業が終わったら、補助事業の完了日から30日を経過した日、または交付決定通知書に記載された完了期限日から10日を経過した日のいずれか早い日までに実績報告書を提出します。事務局の確認を経て補助金額が確定し、その後に補助金が支払われます。
さらに、補助金を受け取った後も、一定期間にわたって毎年「事業化状況報告」を事務局へ提出する必要があります。報告期間は枠によって異なり、事業承継促進枠と事業統合投資類型は5年間、専門家活用枠とPMI専門家活用類型は3年間、廃業・再チャレンジ枠は1年間です。報告を怠ったり虚偽の報告をしたりすると、交付決定の取消しや補助金の返還を求められるため、必ず対応しましょう。なお、受け取った補助金は、交付を受けた事業年度の収益として法人税等の課税対象になります。
審査の流れとポイント
審査のポイント
審査は、すべての枠に共通して①資格要件の審査と②書面審査の順で行われ、該当する加点事由があればそれも評価に反映されます。①は補助対象者や補助額の要件を満たしているかの確認で、要件を満たしていない時点で不採択となります。①を通過した申請について、外部有識者で構成される審査委員会が②の書面審査を行います。書面審査の着眼点は枠によって異なります。
＜書面審査の着眼点＞
| 申請枠・類型 | 主な着眼点 |
|---|---|
| 事業承継促進枠 | 後継者による取組の目的・必要性、実現可能性、収益性、継続性 |
| 専門家活用枠（買い手支援類型） | 経営資源引継ぎの計画が補助事業期間内に適切に取り組まれるか、財務内容の健全性、買収の目的・必要性、買収による効果・地域経済への影響、買収による成長の見込み |
| 専門家活用枠（買い手支援類型・100億企業特例） | 上記の買い手支援類型の着眼点に加え、承継者と被承継者の事業のシナジー効果、売上高100億円達成に向けた事業計画の実現可能性 |
| 専門家活用枠（売り手支援類型・小規模売り手支援類型） | 経営資源引継ぎの計画が補助事業期間内に適切に取り組まれるか、譲渡の目的・必要性、譲渡による効果・地域経済への影響 |
| PMI推進枠（PMI専門家活用類型） | PMIの目的・必要性、PMI集中実施期の計画の適切さ、PMIによる効果（シナジー）・地域経済への影響、成長の見込み、財務内容の健全性 |
| PMI推進枠（事業統合投資類型） | 事業統合投資の目的・必要性、計画の適切さ・合理性、統合効果（シナジー等）・地域経済への影響、成長の見込み、財務内容の健全性 |
| 廃業・再チャレンジ枠 | 再チャレンジのために廃業する必要性、廃業に向けた準備（従業員の再就職方針や取引先への対応）、再チャレンジの実現性 |
③の加点事由も枠ごとに異なりますが（下記の一覧を参照）、注目したいのは、廃業・再チャレンジ枠を除くすべての枠で「経営力向上計画」の認定が加点になる点です。経営力向上計画は、公募申請時に有効な認定を受けて認定書を提出すれば加点の対象になり、事前の準備で対応できる項目なので、申請を検討している場合はできるだけ早めに認定を受けておきましょう。経営力向上計画についてはこちらの記事で詳しく解説しています。
また、すべての枠で一定の賃上げ（従業員1人当たり給与支給総額2％以上）を表明することが加点対象になります。ただし、加点を受けて採択されたにもかかわらず賃上げが未達だった場合は、その後18か月間、中小企業庁が所管する補助金（持続化補助金、省力化投資補助金、デジタル化・AI導入補助金など）の審査で大幅に減点されます。達成できる見込みがあるかを慎重に判断したうえで申請しましょう。
＜加点事由一覧（16次公募）＞
| 加点事由 | 事業承継促進枠 | 専門家活用枠 | PMI推進枠 | 廃業・再チャレンジ枠 |
|---|---|---|---|---|
| 「中小企業の会計に関する基本要領」又は「指針」の適用 | ○ | ○ | ○ | ― |
| 「経営力向上計画」の認定、「経営革新計画」の承認又は「先端設備等導入計画」の認定 | ○ | ○ | ○ | ― |
| 「地域未来牽引企業」であること | ○ | ○ | ○ | ― |
| 「（連携）事業継続力強化計画」の認定 | ○ | ○ | ○ | ― |
| ワーク・ライフ・バランス等の推進（えるぼし・くるみん認定、一般事業主行動計画の公表など） | ○ | ○ | ○ | ― |
| 「健康経営優良法人」であること | ○ | ○ | ○ | ― |
| 「サイバーセキュリティお助け隊サービス」の利用 | ○ | ○ | ○ | ― |
| 賃上げ（従業員1人当たり給与支給総額2％以上）の表明 | ○ | ○ | ○ | ○ |
| 米国の追加関税措置により大きな影響を受けていること | ○ | ○ | ○ | ― |
| 小規模事業者等であること | ― | ○ （買い手・売り手支援類型、100億企業特例） | ○ （PMI専門家活用類型） | ― |
| DD（デュー・ディリジェンス）を実施していること | ― | ― | ○ | ― |
| PMIを実施していること | ― | ― | ○ （事業統合投資類型） | ― |
| 「地域おこし協力隊」としての委嘱を受けていること | ○ | ― | ― | ― |
| 代表者（予定を含む）が「アトツギ甲子園」の出場者であること | ○ | ― | ― | ― |
| 「成長加速マッチングサービス」への会員登録・挑戦課題の登録 | ○ | ― | ― | ― |
| 事業承継・引継ぎ支援センター等の支援を受けて事業承継計画書を策定していること | ○ | ― | ― | ― |
| 再チャレンジする主体の年齢が若いこと | ― | ― | ― | ○ |
| 再チャレンジの内容が「起業（個人事業主を含む）」であること | ― | ― | ― | ○ |
※各加点事由の詳細な要件は、公募要領の「15.2. 加点事由について」をご確認ください。
各申請枠の採択率
4枠体制になった12次公募以降の採択状況は下記のとおりです。全体の採択率は各回とも約61％（60.7～61.3％）で安定しており、事業承継促進枠・専門家活用枠・PMI推進枠の主要3枠もおおむね6割前後です。つまり、申請した10件のうち6件ほどが採択されている水準です。なお、廃業・再チャレンジ枠は申請件数が1～2件と少なく、採択率を比較する材料にはなりません。
| 公募回 （採択発表日） | 全体 | 事業承継促進枠 | 専門家活用枠 | PMI推進枠 | 廃業・再チャレンジ枠 |
|---|---|---|---|---|---|
| 12次 （2025年10月27日） | 742件→453件 61.1％ | 250件→152件 60.8％ | 436件→266件 61.0％ | 55件→34件 61.8％ | 1件→1件 |
| 13次 （2026年1月15日） | 481件→293件 60.9％ | 182件→111件 61.0％ | 267件→163件 61.0％ | 32件→19件 59.4％ | ― |
| 14次 （2026年5月15日） | 512件→311件 60.7％ | 169件→103件 60.9％ | 299件→180件 60.2％ | 43件→27件 62.8％ | 1件→1件 |
| 15次 （2026年9月11日） | 551件→338件 61.3％ | 190件→115件 60.5％ | 312件→194件 62.2％ | 47件→28件 59.6％ | 2件→1件 |
※「申請件数→採択件数」。事業承継・M＆A補助金事務局の公表数値をもとに当事務所で採択率を算出。13次公募では廃業・再チャレンジ枠の件数は公表されていません。
まとめ
事業承継・M＆A補助金は、中小企業者等の事業承継やM＆A、M＆A後の経営統合、それに伴う廃業にかかる経費の一部を補助するものです。現在は「事業承継促進枠」「専門家活用枠」「PMI推進枠」「廃業・再チャレンジ枠」の4つの枠があり、自社がどの場面にあたるかによって使える枠や補助額が大きく変わります。
M＆Aは事業上のインパクトが非常に大きく、相手方との相性も極めて重要であるため、補助金が使えるからと安易に実施を決めるのは危険です。補助金の概要を理解したうえで事業承継やM＆Aの必要性を検討し、公募のスケジュールに合わせて準備を進めるとよいでしょう。特に、交付決定前に専門家と契約してしまうと補助の対象外になる点や、経営力向上計画の認定を事前に受けておくと加点の対象になる点は、早い段階で押さえておきたいポイントです。
事業承継・M＆A補助金は枠や類型が多く、要件も公募回ごとに見直されるため、全体像を把握するのはなかなか大変です。当事務所では、税務顧問のお客様向けのオプションとして補助金の申請サポートもご用意しています。事業承継やM＆Aに伴う税務もあわせて相談できる税務顧問をお探しの方は、お気軽に当事務所までご相談ください。
参考
